Italien im Jahre 1327: Der Mönch William von Baskerville (Sean Connery) aus England und sein noch unerfahrener Novize, der junge Adson von Melk (Christian Slater) treffen nach einem mühsamen, langen Weg in einer einsam in den Bergen gelegenen Abtei ein. Geschickt hat die beiden der Kaiser. In quasi diplomatischer Mission sollen der Franziskanermönch und sein Novize zwischen angeblichen Ketzern und päpstlichen Gesandten vermitteln. Doch schon bald drängt eine anscheinend ganz andere Sache in den Vordergrund: Nach einer Reihe von Morden an den Mönchen kann sich niemand mehr sicher innerhalb der Abteimauern fühlen. William will die Verbrechen aufklären, doch er hat die Rechnung ohne die Abordnung des Papstes gemacht. Deren Mitglieder scheinen es auf William abgesehen zu haben und verdächtigen plötzlich ihn der Ketzerei und der gesuchte Mörder zu sein…